COVID-19 – Recherches avec les supercalculateurs

L’OSTP fédère une initiative centrée sur le calcul haute performance qui réunit les agences fédérales (NSF et NASA), le Département américain de l'énergie et les laboratoires nationaux (dont les laboratoires de Los Alamos et d'Oak Ridge), des acteurs industriels de premier plan (AMD, Amazon Web Services, Google, Hewlett Packard, IBM, Microsoft, NVIDIA, etc.) et 11 universités (dont le MIT, UT Austin, UCSD...) offrant ainsi du temps et des ressources de calcul (ex : capacité de stockage) sur leurs super-calculateurs pour des recherches computationnelles complexes.

L’OSTP fédère une initiative centrée sur le calcul haute performance qui réunit les agences fédérales (NSF et NASA), le Département américain de l’énergie et les laboratoires nationaux (dont les laboratoires de Los Alamos et d’Oak Ridge), des acteurs industriels de premier plan (AMD, Amazon Web Services, Google, Hewlett Packard, IBM, Microsoft, NVIDIA, etc.) et 11 universités (dont le MIT, UT Austin, UCSD…) offrant ainsi du temps et des ressources de calcul (ex : capacité de stockage) sur leurs super-calculateurs pour des recherches computationnelles complexes.

La soumission des projets de recherche sur le COVID-19 s’effectue via le portail en ligne XSEDE dédié. Les critères d’évaluation sont : (i) avantages potentiels pour la réponse à COVID-19 ; (ii) faisabilité de l’approche technique ; (iii) nécessité du calcul haute performance ; (iv) connaissances et expérience en matière de calcul haute performance de l’équipe projet ; (v) estimation des besoins en ressources informatiques.

Priorisant les projets, un groupe d’experts composé de scientifiques de divers horizons et de chercheurs en informatique, travaille ensuite avec l’équipe projet pour : évaluer les avantages des travaux pour la santé publique et identifier l’institution partenaire ayant les ressources informatiques adéquates.

La liste actuelle fait état de 56 projets étudiant très majoritairement les aspects moléculaires de la découverte de médicaments candidats(drug discovery), de conception rationnelle (rational drug design) ou du repositionnement de médicaments. Ces projets bénéficient d’une partie croissante des 30 systèmes de supercalculateurs, représentant plus de : 430 pétaFLOPS (soit 1015 FLOPS, FLoating-point Operations Per Second ou nombre d’opérations en virgule flottante par seconde) ; 110 000 nœuds ; 4,2 millions de cœurs de CPU (Central Processing Unit) et 43 000 GPU (Graphics Processing Unit).


Rédacteur :

Renaud Seigneuric, Attaché pour la Science et la Technologie, [email protected]

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