Depuis que les biologistes travaillent avec des bases de données génétiques de plus en plus importantes – c’est-à dire depuis le développement et la généralisation de l’utilisation des méthodes rapides de séquençage – la nécessité d’organiser et d’accéder aisément à ces données s’est fait ressentir. Les premières banques de données en biologie moléculaire concernèrent les informations nucléotidiques relatives à la structure des protéines. Il existe aujourd’hui des banques généralistes, dans lesquelles sont stockées les séquences provenant de tous les organismes, et des banques spécialisées qui se consacrent plus particulièrement à un organisme ou à une thématique donnée.
La plus grande base de données des Etats-Unis dédiée aux plantes: "The Crop Genome Informatics Laboratory" vient d’être inaugurée dans le laboratoire d’agronomie de l’USDA situé sur le campus de l’université de l’Iowa. Ce centre animé par 25 chercheurs, regroupe quatre bases de données différentes :
– Le "Maize Genetics and Genomics Database": réunit toutes les informations génétiques et génomiques de Zea mays. L’objectif du projet de MaizeGDB est de constituer une base de données centralisée sur les informations déjà publiées sur le maïs, de regrouper sous la forme d’un site Web "MaizeGDB" l’ensemble des rapports publiés sur la biologie du maïs et de fournir des outils informatiques permettant d’aborder les questions biologiques de Zea mays. Sont également indiquées les sources bibliographiques disponibles ainsi que les informations relatives aux experts en la matière.
– Le "Plant Genome Database" est un projet de Cyberinfrastructure qui permet la recherche de génomes spécifiques de certaines plantes ; il donne l’accès au génome spécifique de l’espèce choisie en fournissant les séquences nucléotidiques pour environ 60.000 espèces de plantes différentes. Cette base de donnée permet également de localiser des gènes identifiés pour les espèces de plantes modèles, Arabidopsis thaliana, et Medicago truncatula.
– "Plant Expression Database": réunit les expressions des gènes des plantes et de leurs microorganismes pathogènes associés. PLEXdb est un lien intégrant l’ensemble des données des profils d’expression des gènes obtenus grâce à des approches de génomique structurale traditionnelles et les données phénotypiques qui en résultent.
– "Soybase and the Soybean Breeder’s Toolbox": fournit toutes les informations génétiques et les nouveautés en matière de génomique du soja.
Chacune de ces bases de données est un outil indispensable pour obtenir des informations précises sur la génétique des végétaux. L’objectif d’un tel centre est d’augmenter la communication et la collaboration entre les biologistes et les généticiens du monde entier.
La création de ce pôle a nécessité un budget de 585.000 dollars, et a été sponsorisé à hauteur de 225.000 dollars par l’ARS et 360.000 dollars par l’université de l’Iowa.
Source :
– https://www.ag.iastate.edu/aginfo/news_detail.php?var1=688
– https://www.maizegdb.org/
– https://www.plantgdb.org/sitemap/about.php
– https://www.plexdb.org/index.php
– https://soybeanbreederstoolbox.org/help_body.html
– https://www.plantphysiol.org/cgi/content/abstract/138/1/55
Pour en savoir plus, contacts :
– Carolyn Lawrence, Crop Genome Informatics Laboratory, (515) 294-4294, [email protected]
– Paul Scott, Corn Insects and Crop Genetics Research Unit, (515) 294-7825, [email protected]
– Barbara McBreen, Communications Service, (515) 294-0707, [email protected]
Code brève
ADIT : 56732
Rédacteur :
Lila Laborde [email protected], Adèle Martial: [email protected]
