Des scientifiques de l’université de l’Illinois à Urbana-Champaign et de l’université de Californie à Irvine ont simulé un virus biologique sur un ordinateur. Si une simulation de petites parties de cellules vivantes telles que des protéines avait déjà été effectuée, c’est la première simulation d’un organisme vivant dans son intégralité. A travers cette expérience, qui sera détaillée dans l’édition du 14 mars de la revue Structure, les chercheurs espèrent mieux comprendre les propriétés mécaniques des virus. Le virus satellite du virus mosaïque tabac a été retenu pour sa simplicité et sa petite taille. Les calculs ont été effectués sur un superordinateur du NCSA (National Center for Supercomputing Application) dans l’Illinois, l’un des plus rapides du monde. La simulation portait sur le virus et une goutte d’eau, le tout représentant un million d’atomes modélisés pendant une durée de 50ns. Ce travail a bénéficié d’un financement des National Institutes of Health et de temps de calcul du NCSA financé par la National Science Foundation.
Source :
– https://www.news.uiuc.edu/news/06/0314virus.html
– https://www.beckman.uiuc.edu/news/NewsReleases/STMVsimulation.html
Pour en savoir plus, contacts :
– Equipement du NCSA à Urbana Champaign – https://www.ncsa.uiuc.edu/UserInfo/Resources/Hardware/
– Molecular Dynamics Simulations of the Complete Satellite Tobacco Mosaic Virus, Peter L. Freddolino, Anton S. Arkhipov, Steven B. Larson, Alexander McPherson, and Klaus Schulten, Volume 14, Issue 3 , 03/2006, Pages 437-449 – https://www.structure.org/content/article/abstract?uid=PIIS0969212606000608
– Coarse Grained Protein-Lipid Model with Application to Lipoprotein Particles, Amy Y. Shih, Anton Arkhipov, Peter L. Freddolino, and Klaus Schulten, J. Phys. – Chem. B, 110 (8), 3674 -3684, 2006 – https://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jpcbfk/2006/110/i08/abs/jp0550816.html
Code brève
ADIT : 32763
Rédacteur :
Sébastien Morbieu, [email protected]
