Le laboratoire associé entre le CNRS, l’Université de Montpellier et Stanford University (BMIR , Center for Biomedical Informatics Research), dirigé côté français par Philippe Poignet, et par Oussaman Khatib et Mark Musen côté américain, a annoncé le 28 octobre l’ouverture 2.0 du répertoire ontologique et sémantique de l’AgroPortal développé dans ce cadre. Le partenariat Stanford-CNRS, amorcé en 2005, s’articule autour du web sémantique, de la robotique chirurgicale et de la robotique sous-marine.
La partie web sémantique dispose d’une plateforme, Bioportal, originellement appliquée à la santé, et ayant vocation à être extrapolée aux secteurs de l’agri-food et la biodiversité avec la plateforme AgroPortal. Ces plateformes servent à partager/servir des ontologies (ou plus simplement des terminologies ou des vocabulaires contrôlés) qui représentent un élément indispensable pour l’interopérabilité des données (Europe-US). Ces données, classées par le portail, se veulent accessibles, transparentes, et directement exploitables. AgroPortal est ainsi en cours de développement dans le cadre du projet français ANR D2KAB (Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity), recevant par ailleurs le soutien, entre autres, de l’Université de Montpellier, du CNRS et d’INRAE. Agroportal réunit d’autres institutions internationales comme la FAO, le CGIAR, RDA AgriSemantics, GO FAIR Food System IN, etc.
Cette dernière avancée technique fait suite à des collaborations renforcées entre l’INS2I du CNRS (Institut des sciences de l’information et de leurs interactions), Stanford University, et INRAE. Le volet INRAE s’est récemment développé à travers l’implication de Clément Jonquet, Professeur Associé au LIRMM, le Laboratatoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier, au sein de l’unité MISTEA (Mathématiques, Informatiques et Statistiques Appliquées à l’Environnement et l’Agronomie), dirigée par Pascal Neveu.
D’un point de vue technique :
• L’AgroPortal est maintenant basé sur OntoPortal 3.0. L’Alliance OntoPortal est un effort groupé d’organisations réutilisant le logiciel original du BioPortal NCBO.
• Les caractéristiques spécifiques de l’AgroPortal (cartographie, visualisation et modélisation de metadata, etc.) ont été regroupées dans le code OntoPortal 3.0 dans les branches propres du LIRMM.
Cette ouverture intègre des interfaces utilisateurs substantiellement modifiées, de façon à les rendre plus réactives et plus faciles d’usage. L’Annotateur AgroPortal intègre maintenant la dernière version de l’algorithme FastContext, utilisé pour contextualiser les annotations textuelles. Ce paramétrage est majoritairement développé pour la biomédecine, mais pourrait s’avérer pertinent pour d’autres utilisations.
Rédactrice : Juliette Paemelaere, Chargée de Mission Coopération Scientifique INRAE, [email protected]
