Le 2 novembre une équipe de chercheurs dirigée par Larry Schook de l’Université de l’Illinois a annoncé la réussite du premier séquençage du génome du porc. Ce projet s’inscrit dans le cadre du Swine Genome Sequencing Consortium (SGSC), formé en septembre 2003, qui implique une équipe internationale de scientifiques et l’appui de plusieurs centres de séquençage génomique : le Wellcome Trust Sanger Institute à Hinxton en Angleterre, l’Institute for Genomic Biology et le Department of Animal Sciences de l’Université de l’Illinois, Urbana (L. Schook et J. Beever). Le consortium implique également l’INRA en France, avec les centres de Jouy-en-Josas et de Toulouse, en la personne des chercheurs D. Milan et Patrick Chardon. Le scientifique français D. Milan fait partie des 9 directeurs adjoints du projet dirigé par Larry Schook de l’Université de l’Illinois. Ce consortium permet d’assurer une coordination internationale pour le séquençage du génome du porc. La mission du SGSC est de faire avancer la recherche biomédicale pour la production animale et la santé en développant des outils basés sur l’ADN et les produits résultant du séquençage du porc.
Le USDA avec son ancien CSREES (Cooperative State Research, Education, and Extension Service) a apporté, en 2006, des fonds à hauteur de 10 millions de dollars pour initier le projet dans une optique fédératrice, afin de regrouper des compétences et des ressources au niveau international. Le coût total s’élève à environ 24,3 millions de dollars avec des fonds supplémentaires provenant de l’USDA Agricultural Research Service et de nombreux autres financements américains, asiatiques et européens : avec entre autres, l’Agence Nationale de la Recherche ; INRA Genescope, France ; Wellcome Trust Sanger Institute, Royaume-Uni ; Institute for Pig Genetics, Pays-Bas ; European Union SABRE ; Iowa Pork Producers Association; Iowa State University ; National Pork Board, U.S. ; University of Illinois ; University of Illinois Livestock Genome Sequencing Initiative ; Korean National Livestock Research Institute ; National Institute of Agrobiological Sciences, Japan.
Le porc présente l’avantage d’être un animal important à la fois pour l’alimentation et comme modèle pour les maladies humaines. L’espèce choisie ici pour le séquençage est la race porcine Duroc qui compte parmi les 5 espèces les plus utilisées pour la production porcine mondiale. Le séquençage, qui est presque complet, couvre 98% de la carte physique. Il permettra aux chercheurs de déterminer les gènes qui sont utiles pour la production porcine ou qui sont impliqués dans l’immunité ou d’autres processus physiologiques importants chez le porc. Cela permettra d’améliorer les pratiques de reproduction, donnera un aperçu des maladies du porc (et même parfois de l’homme) et cela soutiendra les efforts pour préserver le patrimoine mondial des cochons sauvages, rares et menacés d’extinction. De plus, étant donné que les espèces sauvages sont toujours existantes, le séquençage permettra d’étudier les effets de la domestication sur la génomique.
Le Schook Laboratory de l’Université de l’Illinois à Urbana-Champaign (UIUC), un des leaders du programme, a pour principal objectif d’utiliser l’outil que constitue la génomique comparative afin de créer des modèles expérimentaux biomédicaux et des plates-formes technologiques permettant aux scientifiques de comprendre la complexité des caractères génétiques et de trouver des solutions pour traiter les maladies pour les différentes espèces. Pour le projet de séquençage du génome du porc, ils ont ciblés les régions contrôlant soit les caractères génétiques complexes (QTL, Quantitative Trait Locus) soit les régions putatives homologues des maladies humaines afin de les caractériser.
Ce projet aura donc des répercussions à la fois en recherches agronomiques animales pour l’amélioration des espèces porcines mais également dans le domaine de la santé humaine. En effet, le génome du porc avec ses 3 milliards de paires de bases et ses 19 paires de chromosomes comprend environ 24.000 gènes codants pour des protéines similaires à celles de l’homme.
Source :
– First draft of the pig: Researchers sequence swine genome – https://news.illinois.edu/news/09/1102pig_genome.html
– Schook Laboratory – https://www.swinegenomics.com/research.php
– SGSC MISSION & Goals – https://www.piggenome.org/index.php
– International Parternship to Sequence the Pig Genome – 16/01/2006 – https://www.sanger.ac.uk/Info/Press/2006/060116.shtml
Rédacteur :
Magali Muller, [email protected] ; Adèle Martial, [email protected]
